Salah satu penyakit menular yang masih menjadi masalah kesehatan masyarakat di indonesia adalah Malaria. Malaria adalah penyakit yang disebabkan oleh parasit yang ditularkan oleh gigitan nyamuk Anopheles sp yang terinfeksi oleh parasit yang menginfeksi adalah plasmodium. Papua yang merupakan wilayah indonesia bagian timur sudah sejak lama dikenal sebagai daerah endemik malaria, karena hampir sebagain besar masyarakat di Kabupaten Waropen-Papua pernah menderita penyakit malaria. Penyakit malaria merupakan salah satu masalah kesehatan bagi mayarakat yang mempengaruhi angka kematian bayi, anak balita, ibu hamil, dan produktivitas kerja.
Kasus malaria di Kabupaten Waropen berdasarkan data dari Profil Kesehatan Papua 2017 kasus penyakit malaria di Kabupaten Waropen menunjukkan Angka Kejadian Malaria (API) terdapat setiap tahunnya terus naik tahun 2017 sebanyak 137,89 per 1000, pada tahun 2018 terdapat 1.694 jiwa positif malaria dan terakhir pada tahun 2019 terdapat 3.644 jiwa positif malaria. Untuk pelayanan kesehatan di kabupaten waropen khusunya pemeriksaan darah malaria di puskesmas bagi masyarakat terus meningkat penyakit malaria, jumlah kasus semakin meningkat hal ini mungkin disebabkan antara lain oleh cuaca, peningkatan popularitas vektor nyamuk penular penyakit malaria,serta perilaku masyarakat yang kurang menjaga kebersihan. Pasalnya nyamuk anopheles merupakan jenis nyamuk yang dapat membawa parasit yang meginfeksi oleh plasmodium yang penyebab penyakit malaria. Vektor tersebut berkembangbiak di tempat yang memiliki air yang tergenang berwarna jernih dan keruh, dan mendapat sinar matahari cukup. Seperti tempat penampungan air, selokan-selokan yang terbuka yang ada airnya, pada pot-pot bunga yang airnya tergenang dan pada tumpukan  sampah-sampah. Apabila tidak di tutup atau dikuras seringkali menimbulkan kejadian luar biasa (KLB) terutama pada saat musim hujan.
Penangan kasus penyakit malaria di Kabupaten Waropen, ada beberapa kegiatan yang telah dilakukan darai dinas kesehatan untuk mengendalian penyakit malaria di kabupaten waropen pada tahun 2017 tentang pengendalian malaria yaitu pertama, pencegahan malaria menyangkut vektor, control, meliputi pemberian kelambu berinsektisida kepada hamil,bayi setelah pemberian imunisasi lengkap, dan kepada masyarakat, kedua Diagnostic malaria di waropen di konfirmasikan dengan laboratorium baik itu secara mikroskopis untuk di pusat kesehatan masyarakat maupun menggunakan Rapid Diagnostic Test (RDT), ketiga Pengobatan (Treatment), Monitoring dan Evaluasi terdiri dari survey penggunaan kelambu dan survey vector.
Peningkatan penularan penyakit malaria dapat melalui iklim baik musim hujan maupun musim kemarau  dan pengaruhnya bersifat lokal spesifik. Pergantian iklim terjadi dari temperatur, kelemababan, curah hujan, cahaya dan polatiup angin mempunyai dampak langsung pada reproduksi. Perkembangan, longevity dan perkembangan parasit dalam tubuh vektor pada nyamuk Anopheles sp serta pengetahuan masyarakat tentang penyakit malaria masih sangat kurang atau minim.
Upaya menuju kabupaten Waropen bebas malaria bukan hanya tenggung jawab pemerintah saja melainkan juga masyarakat. Hal ini dapat diwujudkan dengan terus melakukan peningkatan pengetahuan dengan dilakukan penyuluhan tentang malaria agar masyarakat bisa tau cara penanggulangan malaria maupun perubahan sikap dan perilaku masyarakat tentang malaria seperti melakukan pengendalian lingkungan (kebersihan lingkungan harus terus  dibersihkan ditempat tinggal masyarakat), petunjuk pelaksanaan pengendalian penyakit malaria perlu disusun secara sistematis.
