Saat ini berdasarkan studi PAM Jaya ketahanan air Jakarta hanya berkisar tiga persen. Antara kebutuhan dan ketersediaan air sudah tidak seimbang sehingga terjadi defisit berkisar 9.100 liter/detik. Studi ini menunjukkan bahwa tanpa disadari Jakarta sudah menunjukkan gejala krisis air.
Permasalahan berikutnya adalah kasus kehilangan air yang disebabkan dua faktor, komersial dan faktor teknik. Faktor komersial merupakan perbuatan yang dilakukan oknum untuk tujuan komersial, misalkan untuk mendapatkan air secara cuma-cuma atau bertujuan mengurangi tagihan penggunaan air dari pemakaian riil. Tiga perbuatan tercela yang masuk faktor komersial yaitu mengubah meteran, memasang kran air sebelum meter air serta sambungan dan pemakaian air secara ilegal. Pada tahun 2015 terjadi 1.306 penggunaan air ilegal dan 1.298 sambungan ilegal yang terdeteksi. Sedangkan faktor kehilangan air yang disebabkan faktor teknik ini berupa kebocoran pipa baik di pipa primer maupun di reservoir.
Penggunaan air tanah secara berlebihan juga menyebabkan permukaan tanah menurun. Beberapa kawasan di Jakarta telah terancam intrusi air laut. Tantangan lainnya terkait dengan pengolahan air adalah jaringan distribusi yang belum menjangkau seluruh wilayah operasional Palyja. Â
Sesuai dengan misi Palyja menyediakan air bersih dengan kuantitas, kesinambungan, dan kualitas yang baik maka Palyja berupaya menurunkan tingkat kehilangan air dan menggenjot ketersediaan akses air bersih.
[caption caption="Petugas DMCC Menjelaskan Cara Menganalisa Informasi yang Ditampilkan oleh Sistem Monitoring (sumber foto: dokpri)"]
Saat ini kehilangan air atau yang disebutnon revenue water semakin menurun. Dari yang tahun 1998 mencapai 59,4% non revenue water menurun menjadi 39,3%. Kehilangan air ini bisa ditengarai dengan metode gas helium, metode suara corelator, dan metode kamera JD7.  Adanya Distribution Monitoring Control Center (DMCC)  juga sangat membantu untuk mendeteksi gejala kebocoran pipa.  DMCC sendiri  didirikan dengan tujuan untuk mengawasi debit dan tekanan air dari proses produksi hingga jaringan, memeriksa kualitas air selama proses produksi dan menindaklanjuti jika terjadi gangguan distribusi serta membuat laporan produksi dan distribusi air. Sedangkan untuk proses penindakan bagi pelaku pencurian air, Palyja telah melakukan kerja sama dengan Polda dan disosialisasikan hingga ke tingkat kelurahan sejak tahun 2007.
Sementara itu untuk ketersediaan air bersih, dari tahun 1998 hingga 2015 terjadi kenaikan 41,15% menjadi  73,15%. Jumlah pelanggan pun bertambah lebih dari 100 persen selama kurun waktu 17 tahun menjadi 404.769 sambungan atau sekitar 3 juta penduduk. Yang menarik dari kategori pelanggan ini, yang pertumbuhannya mencapai 571% berasal dari kelompok masyarakat berpenghasilan rendah. Selain itu juga tersedia 58 kios air dan master meter seperti di kawasan Penjaringan dan 245 public hydrant untuk 73.500 warga di kawasan yang belum ada jaringan distribusi air Palyja,  sehingga air bersih bisa diakses segala kalangan, bukan kalangan tertentu saja.
[caption caption="Air Bersih Harus Bisa Diakses oleh Berbagai Kalangan Masyarakat (sumber foto: dokpri)"]
Meskipun demikian jika melihat data yang menunjukkan ketahanan air Jakarta hanya tiga persen maka Palyja tidak bisa berpangku tangan dengan mengandalkan ketersediaan air baku saat ini dan jaringan distribusi yang eksis. Palyja harus meningkatkan ketersediaan air dan akses ke air bersih tersebut.
Untuk itu sejak tahun 2015 Palyja menggunakan teknologi moving bed biofilm reactor untuk pengambilan air baku kanal banjir barat yang menggunakan bakteri alami dimana mampu melenyapkan 87% amonia. Sebenarnya teknologi ini juga digunakan di IPA Taman Kota. Teknologi ini baru kali pertama digunakan di kawasan Asia Tenggara. Diharapkan pada tahun 2016, kapasitas produksi IPAPejompongan dengan adanya suplai air baku dari kanal banjir barat meningkat menjadi 8.800-9.200 liter/sekon.
Yang tak kalah pentingnya adalah pipa distribusi. Untuk permasalahan pipa, dari total 5400 km pipa, jaringan pipa baru yang telah dipasang ada 1.100 km dan 1.060 jaringan pipa lama telah direhabilitasi. Untuk tahun 2016 akan ada penambahan jaringan pipa di kawasan Fatmawati, Muara Baru, dan Kuningan-Tebet.