Adapun masalah dalam penggabungan badan usaha ditinjau dari segi akuntansi, penggabungan badan usaha menimbulkan 2 masalah, yaitu :
*penentuan dan pembagian modal saham. setelah bentuk penggabungan badan usaha ditentukan maka masalah selanjutnya yang akan muncul adalah penentuan jenis dan jumlah modal saham yang akan diterbitkan.
-Penentuan jenis modal saham .
Untuk menentukan jenis modal saham yang akan diterbitkan sebaiknya memperhatikan tingkat keuntungan masing-masing perusahaan yang melakukan penggabungan badan usaha. Tingkat keuntungan masing-masing perusahaan ini ada 2 kemungkinan,yaitu:
a. Tingkat keuntungan relatif sama. Apabila tingkat keuntungan masing-masing perusahaan yang melakukan penggabungan badan usaha tersebut relatif sama maka sebaiknya diterbitkan satu jenis modal saham saja.
b. Tingkat keuntungan relatif berbeda. Apabila tingkat keuntungan relatif berbeda maka sebaiknya diterbitkan lebih dari satu jenis modal saham. Dalam keadaan seperti ini apabila diterbitkan satu jenis modal saham maka akan menimbulkan ketidakadilan, baik di dalam pembagian laba maupun di dalam pembagian kas, seandainya perusahaan dilikuidasi.
- Penentuan jumlah modal saham.
Jadi dasar penentuan jumlah dan pembagian modal saham yang dapat dipergunakan ada 3, yaitu:Â
a. Kontribusi aktiva bersih. Dalam hal ini jumlah modal saham yang diterbitkan akan sama dengan jumlah aktiva bersih. Masing-masing perusahaan akan menerima bagian secara proporsional dengan kontribusi aktiva bersih. Nah jadi,dasar ini cocok  digunakan apabila tingkat keuntungan perusahaan yang melakukan penggabungan badan usaha relatif sama.
b. Kontribusi laba. Dalam hal ini jumlah modal yang akan diterbitkan akan ditentukan dengan cara mengkapitalisasikan laba masing-masing perusahaan dengan tingkat kapitalisasi tertentu, yang merupakan tingkat laba normal. Apabila tingkat laba normal tersebut sama dengan tingkat laba rata-rata dari Perusahaan yang bergabung,maka hasil kapitalisasi ini akan melebihi jumlah aktiva bersih. Kelebihan tersebut merupakan Goodwill. Goodwill tersebut akan diakui (dicatat) atau tidak tergantung pada metode akuntansi yang dipakai.
c. Gabungan kontribusi aktiva bersih dan laba. Dasar ini merupakan gabungan dari 2 dasar tersebut. Pemakaian dasar ini dimaksudkan untuk menghilangkan kelemahan yang terdapat pada dasar yang pertama maupun kedua. Nah jadi, tujuannya adalah untuk menghilangkan terjadinya ketidakadilan baik dalam pembagian laba maupun pembagian kas.
*Akuntansi penggabungan badan usaha. Perlu diketahui bahwa terdapat 2 metode akuntansi yang lazim dipakai untuk mencatat penggabungan badan usaha,yaitu :
