Upaya sekolah SMPK Don Bosco Atambua untuk mengembangkan minat bakat peserta didik adalah memaksimalkan kegiatan ekstrakurikuler.
Sejalan dengan Misi sekolah yakni: "mengembangkan potensi siswa melalui kegiatan ekstrakurikuler" maka Siswa/siswi, Don Bosco diberi kesempatan untuk mengembangkan minat bakat yang dimilikinya.
Peserta didik bebas memilih sesuai hobi atau bakat yang dimiliki untuk pengembangan diri. Pilihan ini juga harus mendapat dukungan dari orang tua, agar orang tua bertanggungjawab menyiapkan alat atau sarana bagi siswa sesuai dengan kebutuhan.
Sebagai contoh, bila siswa memilih untuk melatih gitar, maka orang tua wajib menyiapkan sarana yang dibutuhkan.
Ada beberapa pilihan kegiatan ekstrakurikuler yang diminati siswa SMPK Don Bosco Atambua yakni, kelompok Organ/piano, kelompok gitar, kelompok biola, kelompok teater, kelompok drum band, kelompok basket, kelompok literasi, kelompok Pramuka, kelompok bela diri, kelompok YouTubers, dll.
Ketersediaan tenaga pendidik di SMPK Don Bosco Atambua, menjadi peluang yang memungkinkan pelaksanaan kegiatan ekstrakurikuler. Sekolah mengambil kebijakan dengan menjadwalkan kegiatan ekstrakurikuler pada sore hari.
Pelaksanaan kegiatan ekstrakurikuler ini, dikoordinir oleh bidang Minat Bakat, serta dibawah pengawasan kepala sekolah.
Kegiatan ekstrakurikuler ini merupakan bagian dari perangkat operasional  kurikulum, yang disusun dan dituangkan dalam rencana kerja tahunan/kalender pendidikan di satuan pendidikan.
SMPK Don Bosco menyadari bahwa ekstrakurikuler adalah kegiatan pendidikan yang dilakukan oleh peserta didik di luar jam belajar kurikulum standar.
Hal ini sebagai upaya perluasan dari kegiatan kurikulum dan dilakukan di bawah bimbingan sekolah dengan tujuan untuk mengembangkan kepribadian, bakat, minat, dan kemampuan peserta didik yang lebih luas atau di luar minat yang dikembangkan oleh kurikulum.
