Menyuburkan tanah harus diusahakan dengan mendaur ulang bahan alam ke dalam tanah, seperti kompos tanaman. Penggunaan pupuk kandang dan kompos yang berasal dari binatang sangat bermanfaat bagi kesuburan tanah. Semua jenis kotoran ternak, urine, kompos, guano, dan limbah rumah potong hewan diperbolehkan selama tidak berasal dari factory farming atau pabrik dan peternakan yang menggunakan bahan-bahan kimia sintetis yang tidak diperkenankan dalam pertanian organik.
Pemanfaatan mikroba merupakan salah satu cara untuk penyubur tanah yang saat ini sudah banyak dipraktikkan, seperti pemberian bakteri Rhizobium sp ke dalam tanah, sehingga unsur nitrogen akan menjadi tersedia di dalam tanah. Unsur nitrogen pun bisa ditambahkan dengan cara mencampur tanah yang berasal dari lahan yang mengandung bintil akar seperti kedelai ke dalam tanah yang akan digunakan dengan harapan bakteri Rhizobium dapat dipindahkan bersama tanah.
Pemanfaatan Rhizobium dalam Produksi Pertanian Dilakukan Melalui:
Pemeliharaan dan peningkatan kesuburan tanah dengan memanfaatkan mikrobia yang berperan dalam siklus Nitrogen (mikrobia penambat nitrogen, mikrobia amonifikasi, nitrifikasi, dan denitrifikasi), Fosfor (mikrobia pelarut fosfat), Sulfur (Mikrobia pengoksidasi sulfur), dan Logam-logam (Fe, Cu, Mn, dan Al),
Pemeliharaan kesehatan tanah dengan memanfaatkan mikrobia penekan organisma pengganggu tanaman (OPT),
Pemulihan kesehatan tanah dengan memanfaatkan mikrobia pendekomposisi / penyerap senyawa-senyawa toksik terhadap mahluk hidup (Bioremediasi),
Pemacuan pertumbuhan tanaman dengan memanfaatkan mikrobia penghasil fitohormon.
Pada dunia pertanian bakteri rhizobium sp mengikat unsur nitrogen dari lingkungan sekitar dan menularkan ke tumbuhan, tetapi bagian akar dan juga pada bagian tanah pada suatu tanaman. Kebanyakan rhizobium sp menularkan pada tanaman yang berbiji, contohnya saja akar pada tanaman kedelai. Pada tanaman kedelai tersebut, bakteri rhizobium sp menempel pada bintil akar. Dan itu membuat tanaman tersebut tumbuh subur  untuk melangsungkan hidupnya karena tanaman tersebut telah terinfeksi oleh bakteri Rhizobium sp.
Tumbuhan yang bersimbiosis dengan Rhizobium banyak digunakan sebagai pupuk hijau seperti Crotalaria, Tephrosia, dan Indigofera. Akar tanaman polong-polongan tersebut menyediakan karbohidrat dan senyawa lain bagi bakteri melalui kemampuannya mengikat nitrogen bagi akar. Jika bakteri dipisahkan dari inangnya (akar), maka tidak dapat mengikat nitrogen sama sekali atau hanya dapat mengikat sedikit nitrogen. Bintil-bintil akar melepaskan senyawa nitrogen organik ke dalam tanah tempat tanaman polong hidup. Dengan demikian terjadi penambahan nitrogen yang dapat menambah kesuburan tanah.