Ditjen Pendidikan Islam Kementerian Agama melakukan penyesuaian format ujian akhir di madrasah yang merupakan ciri khas madrasah di seluruh tanah air. Melalui Direktur Kurikulum, Sarana, Kesiswaan dan Kelembagaan (KSKK) Madrasah bahwa mulai tahun ajaran 2018/2019, mata pelajaran ciri khas madrasah tidak semuanya diujikan dalam Ujian Akhir Madrasah Berstandar Nasional (UAMBN). Mata Pelajaran UAMBN antara lain Qur'an Hadist, Fiqih, dan Sejarah Kebudayaan Islam (SKI) sementara Akidah Akhlak dan Bahasa Arab menjadi Ujian Akhir Madrasah (UAM).Â
Madrasah Tsanawiyah Negeri 4 Flores Timur, melaksanakan Ujian ini berbasis komputer. Baik 3 mata pelajaran UAMBN yang soalnya dari pusat sementara 2 mata pelajaran lainnya disusun oleh guru mata pelajaran Akidah Akhlak Azmiyati Ema Goran, S.Pd.I dan Bahasa Arab Nur Ulfh, S.Pd.IÂ
Hari pertama Ujian Akhir Madrasah Berstandar Nasional Berbasis Komputer (UAMBNBK) MTsN 4 Flotim Rabu 20/03/2019 mendapat kunjungan  pihak Kantor Wilayah Kementerian Agama Propinsi Nusa Tenggara Timur Muhamad Ghaus selaku staf bidang Pendidikan Islam di dampingi pengawas madrasah Malik Kadir. Tiba di lokasi dan disambut dengan hangat oleh Karim Kopong Keda pimpinan madrasah bersama jajaran panitia. Kendatipun menempuh perjalanan yang cukup melelahkan karena ditempuh dengan perjalanan laut dan darat,  namun tidak melunturkan semangat pengabdian serta tetap terpancar senyum bangga dalam menjalankan tugas Negara.
Dalam sapaannya Karim Keda di ruang kerjanya menyampaikan ucapan selamat datang kepada tim monitoring, meski hanya singgah beberapa saat, namun  meninggalkan kesan yang sangat berarti.
Peserta UAMBNBK dan USBN 67 (enam puluh tujuh) dibagi dalam tiga sesi ujian. Dan sistem pengawasan silang murni diintegrasi madrasah mitra dalam wadah Kelompok Kerja Kepala Madrasah (KKM) yaitu masing-masing MTsN 1 Flotim, MTs Al Hidayah Wewit dan MTs Al Furqon Kolipetung, yang semuanya telah siap fisik dan mental dalam menghadapi ujian karena sudah didahului tholabul ghauts beberapa hari silam, lanjut KKD.
Disela-sela kunjungan, Aba Ghaus sapaannya menyatakan apresiasi kepada pihak madrasah lewat persiapan lokasi BERSERI( Bersih Sehat Rindang dan Indah), dalam mendukung proses pelaksanaan ujian Negara.
Sesi pertama berakhir dan memasuki sesi kedua pelaksanaan ujian, Ketua Komite MTsN 4 Flotim Jamil Demon Sesa didampingi tokoh masyarakat Kasman L Goran Tokan menyambangi madrasah dalam suasana penuh kehangatan. Kedua sosok ini, menyatakan dukungan akan setiap program kerja madrasah yang bersentuhan langsung dengan peningkatan kompetensi siswa baik akademik maupun non akademik.
Di hari yang sama Camat Witihama Laurensius Lebu Raya didampingi staf Dahlia Dai Pain ikut memotoring pelaksanaan ujian yang bermartabat ini. Lebu Raya menyatakan apresiasi atas prestasi yang kerap kali di raih oleh lembaga ini.Â
''Banyak prestasi yang sering kita pantau baik langsung maupun via media sosial, MTsN 4 selalu menoreh prestasi. Sebagai pimpinan wilayah salut, MTsN 4 selalu membawa nama harum kecamatan sampai ke kancah Nasional di beberapa bidang prestasi. Terimakasih atas kerjasamanya, ''ujar Lebu Raya.