Ada banyak ayat-ayat dalam Al-Qur'an yang mengacu pada fenomena alam sebagai tanda-tanda Tuhan dan membahas mengenai studi tentang berbagai fenomena alam sebagai jalan menuju mengenal dan mengabdi kepada Tuhan. Sebagaimana dalam Al-Qur'an:
"Katakanlah, lihatlah apa yang ada di langit dan di bumi..." ( 10:101 )Â
"Katakanlah, bepergianlah di bumi dan lihat bagaimana Dia memulai penciptaan. (29:20)
Dalam pandangan Al-Qur'an, studi tentang alam bukan untuk kepentingannya sendiri. Sebaliknya, itu seharusnya berfungsi sebagai sarana untuk membawa seseorang lebih dekat kepada Tuhan. Para ilmuwan Muslim di masa lalu percaya bahwa kebijaksanaan Tuhan tercermin dalam ciptaan-Nya. Demikian pula, para pendiri ilmu pengetahuan modern tidak mengejar studi fenomena alam untuk memahami alam itu sendiri atau demi kepuasan mereka sendiri, tetapi sebagai sarana kedekatan dengan Tuhan.
Dalam pandangan Islam, sains dibingkai dalam pandangan dunia teistik yang menganggap Tuhan Pencipta dan Pemelihara alam semesta. Pandangan ini tidak membatasi keberadaan pada alam material, ia mengakui tatanan moral. Namun, pandangan yang diterima tentang sains tidak peduli terhadap semua hal ini.
Pandangan Islam dan pandangan sains yang diterima memiliki metodologi yang sama, yaitu keduanya melibatkan eksperimentasi, observasi, dan kerja teoretis. Perbedaan mereka terletak pada pandangan dunia yang mendasari yang mempengaruhi pandangan mereka terhadap Tuhan, kosmos, dan kemanusiaan, dan mempengaruhi keputusan mereka mengenai konsekuensi praktis dari karya ilmiah mereka. Bertentangan dengan apa yang dipikirkan beberapa sarjana, saya tidak berpikir bahwa komitmen ilmuwan Muslim terhadap pandangan dunia Islam akan menghalangi mereka untuk menjadi mitra setara dalam komunitas ilmiah dunia. Sejarah peradaban Islam yang mulia adalah saksi yang baik untuk klaim ini.
Konsepsi pengetahuan Islam tidak membatasi pengetahuan tentang realitas yang diperoleh melalui eksperimen dan penalaran teoretis saja, dan tidak mempertimbangkan studi ilmiah tentang dunia secara menyeluruh. Sebaliknya, dengan mengakomodasi wahyu dan intuisi, itu mencakup aspek spiritual dan fisik kemanusiaan dan kosmos, dan mengklaim bahwa ada lebih banyak realitas daripada yang terlihat oleh mata manusia.
Pandangan sains kontemporer mempromosikan netralitas nilai sains, tetapi pandangan Islam tentang sains mengintegrasikan pengetahuan dengan nilai-nilai. Hal ini dilakukan sedemikian rupa sehingga mengarah pada akuntabilitas dan tanggung jawab seorang ilmuwan di semua tahap kehidupannya, dan itu terjadi pada tingkat metafisika ilmu pengetahuan. Dalam visi sekularis, etika paling banyak memainkan peran utilitarian. Namun, dalam pandangan dunia Islam, konsep nilai moral dikaitkan dengan konsep tujuan dunia. Dengan demikian, dalam dunia yang bebas dari tujuan, hukum moral tidak memiliki nilai intrinsik. Ia hanya memiliki peran regulasi dalam masyarakat. Pengabaian nilai-nilai moral dalam area ilmiah kontemporer sebagian disebabkan oleh pengabaian teleologi dalam ilmu sekuler modern.
Di dunia kontemporer, sains dicari untuk mengontrol dan memanipulasi dunia alami dan masyarakat manusia. Namun, dalam konteks teistik, sains dicari untuk memahami dunia alami dan untuk memecahkan masalah individu dan masyarakat---tujuan yang mengarah pada keridhaan Tuhan. Di sini, alam dipandang sebagai amanah dari Tuhan yang harus dikelola dengan baik. Dengan demikian, semua rencana kemajuan ilmu pengetahuan dan inovasi teknologi harus selaras dengan tatanan kosmik.
Karena keterbatasan ruang lingkupnya, sains hanya dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan tertentu yang menjadi perhatian manusia. Itu tidak dapat menyajikan gambaran dunia yang komprehensif. Itu hanya meninggalkan banyak pertanyaan yang tidak terjawab dan muncul dalam sains itu sendiri. Lebih jauh lagi, ia diam tentang makna dan tujuan hidup manusia dan tentang moralitas. Namun, sains yang dibingkai dalam kerangka yang lebih komprehensif, tidak membatasi realitas ke ranah empiris dan bekerja dalam kerangka metafisik yang lebih inklusif di mana tingkat realitas yang lebih tinggi diakui. Kerangka kerja semacam itu dapat menyoroti pertanyaan meta-ilmiah kami. Dalam kata-kata George Ellis:
"Kita harus menggunakan kriteria luas yang memperhitungkan seluruh rentang pengalaman manusia, dan bukan hanya bagian yang dapat dijelaskan secara ilmiah" Dalam buku Sebelum Awal (London: Boyars/Bowerdean, 1993), 86.
