Penyelenggaraan pembelajaran di UIN Walisongo mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi, Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), serta Pembelajaran dan Penilaian pada Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam. Dalam rangka berkontribusi terhadap pembangunan kemanusiaan dan peradaban, pembelajaran di UIN Walisongo mengusung paradigma kesatuan ilmu pengetahuan (unity of sciences).Â
Hal ini yang menjadi ciri khusus bagi UIN Walisongo dalam pembelajarannya. Pasalnya masih jarang universitas yang menggunakan kurikulum basis unity of sciences. Dengan adanya paradigma ini di UIN Walisongo diharapkan bisa menjadi contoh bagi universitas-universitas lain ketika nanti menerapkan kurikulum ini.
Karakteristik proses pembelajaran universitas besifat interaktif, holistik, integratif, saintifik (berbasis riset), kontekstual, tematik, efektif, kolaboratif, prospektif, pluralistik, berpusat pada mahasiswa, dan berorientasi pada kompetisi sehingga butuh kerjasama dua arah yang aktif antara mahasiswa dan dosen.
Di UIN Walisongo Perencanaan proses pembelajaran disusun untuk setiap mata kuliah dan disajikan dalam Rencana Pembelajaran Semester (RPS) yang disusun  berdasarkan prinsip pembelajaran berpusat pada mahasiswa (student centered learning). Student Centered Learning atau SCL merupakan suatu pendekatan pembelajaran yang dipercaya efektif dalam meningkatkan kualitas belajar baik peserta didik maupun mahasiswa.
Proses belajar yang terbaik yaitu dengan melibatkan mahasiswa untuk memahami materi secara mandiri dan aktif. Sementara, dosen lebih berperan sebagai fasilitator. SCL (Student Centered Learning) menuntut para mahasiswa lebih aktif dalam kegiatan kuliah. Selain itu, mahasiswa juga dituntut untuk memiliki daya kritis yang tinggi.Â
Dosen pun bisa memperoleh manfaat dari prinsip SCL (Student Centered Learning) ini seperti kerja dosen menjadi lebih ringan karena dosen tidak perlu menyiapkan bahan ajar atau materi di setiap pertemuan. Bahan ajar sudah ditugaskan kepada mahasiswa sejak pertama masuk dan memulai perkuliahan. Dosen cukup memberikan evaluasi dan kesimpulan dari materi atau bahan ajar yang mahasiswa sampaikan.
Selanjutnya, dengan SCL (Student Centered Learning) dosen bisa mengajak mahasiswa untuk mulai aktif melakukan penelitian yang kedepannya dari hasil penelitian mahasiswa bisa dijadikan inspirasi sumber kajian yang baru. Dosen juga bisa mengajak mahasiswa berkolaborasi dalam mengadakan penelitian.
