Adapun contoh kasus pelanggaran HAM di Indonesia adalah kasus Munir sang pejuang Hak Asasi Manusia. Ia lahir di Malang, Jawa Timur pada tanggal 8Desember 1965 tepatnya di Kota Batu. Nama lengkapnya adalah Munir Said Thalib (alm) dan meninggal pada tanggal 7 September 2004. Pria keturunan Arab lulusan Fakultas Hukum Universita Brawijaya ini merupakan seorang aktivis dan pejuang HAM Indonesia. Ia dihormati oleh para aktivis, LSM, hingga dunia internasional. Munir mendirikan Komosi untuk Orang Hilang dan KorbanKekerasan (KontraS) pada tanggal 16 April 1996. Atas perjuangannya yang tak kenal lelah diapun memperoleh the right livelihood award di swedia (2000) di bidang pemajuan HAM dan kontrol sipil terhadap militer di Indonesia. Sebelumnya majalahAsiaweek (oktober 1999) enobatkannya menjadi salah seorang dari 20 pemimpin politik muda asia pada millenium baru dan man of the year versi majalah ummat (1998). Berikut adalah kronologis pembunuhan Munir hingga proses pengadilan tersangka pembunuh Munir.Pada6September2004MunirmenujuAmsterdamuntukmelanjutkanstudi program master (S2) di Universitas Utrecth Belanda. Munir naik pesawat Garuda Indonesia GA-974 pada pukul 21.55 WIB menuju Singapura untuk kemudian transit di Singapura dan terbang kembali ke Amsterdam. Tiba di Singapura pada pukul 00.40 waktu Singapura. Kemudian pukul 01.50 waktu Singapura Munir kembali terbang dan menuju Amsterdam. Tiga jam setelah pesawat GA-974 take off dariSingapura, awak kabin melaporkan kepada pilot Pantun Matondang bahwa seorang penumpang bernama Munir yang dudukdikursi nomor40G menderitasakit. Munir bolak balik ke toilet. Pilot meminta awak kabin untuk terus memonitor kondisi Munir. Munir pun dipindahkan duduk di sebelah seorang penumpang yang kebetulan berprofesi dokter yang juga berusaha menolongnya. Penerbangan menuju Amsterdam menempuh waktu 12 jam. Namun dua jam sebelum mendarat 7September 2004, pukul 08.10 waktu Amsterdam di bandara Schipol Amsterdam, saat diperiksa, Munir telah meninggal dunia. Pada tanggal 12 November 2004 dikeluarkan kabar bahwa polisi Belanda (Institut Forensik Belanda) menemukan jejak-jejak senyawa arsenikum setelah otopsi. Hal ini juga dikonfirmasi oleh polisiIndonesia. Belum diketahui siapa yang telah meracuni Munir, meskipun ada yang menduga bahwa oknum-oknum tertentu memang ingin menyingkirkannya. Salah satunya adalah kebencian para penguasa orde baru terhadap gerakan “human right‟ Munir . Mereka “penguasa” yang telah semena-mena menindas,membunuh, dan membantai rakyat kecil mendapat perlawanan keras dari Munir. Munir tanpa lelah terus mencari fakta dan realita untuk mengungkap kasus-kasus pembantaian orang dan rakyat yang tidak berdosa. Meskipun dirinya dan keluarganya menerima berbagai ancaman pembunuhan, Munir tetap melangkahkan perjuangannya dengan darah jadi taruhannya. Orang pertama yang menjadi tersangka pertama pembunuhan Munir (dan akhirnya terpidana) adalah Pollycarpus Budihari Priyanto. Selama persidangan ,terungkap bahwa pada 7 September 2004, seharusnya Pollycarpus sedang cuti. Lalu ia membuat surat tugas palsu dan mengikuti penerbangan Munir ke Amsterdam. Aksi
pembunuhan Munir semakin terkuat tatkala Pollycarpus “meminta‟ Munir
agar berpindah tempat duduk dengannya. Sebelum pembunuhan Munir, Pollycarpus menerima beberapa panggilan telepon dari sebuah telepon yang terdaftar oleh agen intelijen senior. Dan pada akhirnya, 20 Desember 2005 Pollycarpus BP dijatuhi vonis 20 tahun hukuman penjara. Meskipun sampai saat ini, Pollycarpus tidak mengakui dirinya sebagai pembunuh Munir, berbagai alat bukti dan skenario pemalsuan surat tugas dan hal-hal yang janggal. Mahkama Agung telah menjatuhkan putusan dalam perkara No. 1185 K/Pid/2006 dan dibacakan pada sidang terbuka untuk umum pada tanggal 3 oktober 2006. Majelis hakim pada perkara ini adalah Iskandar Kamil, SH (ketua), H Atja Sondjaja, SH (anggota) dan Artidjo Alkostar, SH (anggota). Namun, timbul pertanyaan, untuk apa Pollycarpus membunuh Munir. Apakah dia bermusuhan atau bertengkar dengan Munir. Tidak ada historis yang menggambarkan hubungan mereka berdua. Selidik demi selidik, akhirnya terungkap nomor yang pernah menghubungi Pollycarpus dari agen Intelinjen Senior adalah seorang mantan petinggi TNI, yakni Mayor Jenderal (Purn) Muchdi Purwoprandjono. Mayjen (Purn) Muchdi PR pernahmenduduki jabatan sebagai Komandan Koppassus TNI Angkatan Darat yang ditinggali Prabowo Subianto (pendiri Partai Gerindra). Selain itu, ia juga pernah menjabat sebagai Deputi Badan Intelijen Indonesia. Muchdi PR ditangkap pada 6 Juni 2008. Lalu ia disidangkan di Pengadilan Negeri Jakarta dan pada awal Desember 2008, jaksa penuntut umum (JPU) kasus pembunuhan Munir menuntut Muchdi PR dihukum 15 tahun penjara. Muchdi PR terbukti menganjurkan dan memberikan sarana kepada terpidana Pollycarpus Budihari Priyanto untuk membunuh Munir. Jaksa juga memaparkan sejumlah fakta yang terungkap dari keterangan saksi, barang bukti, dan keterangan terdakwa selama 17 kali sidang. Di antaranya adalahsurat dari Badan Intelijen Negara yang ditujukan kepada Garuda Indonesia pada Juni2004 yang merekomendasikan Pollycarpus sebagai petugas aviation security. Haltersebut sangat tidak wajar karena Badan Intelijen Negara ikut campur urusan bisnis Garuda hingga merekomendasikan Pollycarpus untuk ikut terbang bersama Munir. Jaksa juga menunjuk bukti transaksi panggilan dari nomor telepon yang diduga milik Pollycarpus ke nomor yang diduga milik Muchdi, atau sebaliknya, yang tercatat dalam call data record. Selain itu, dalam persidangan Muchdi PR memberikanketerangan berubah-ubah dan beberapa kali bertindak tidak sopan. Usaha para jaksa membongkar kasus pembunuhan dan menuntut pelaku pembunuh kandas ditangan majelis hakim PN Jakarta Selatan yang diketuai Suharto.Tanggal tanggal 31 Desember 2008, majelis hakim menvonis bebas Muchdi Pr atas keterlibatannya dalam pembunuhan aktivis HAM.
Berdasarkan berkas-berkas kasus hukum kasus Munir, antara lain Putusan-putusan Pengadilan di setiap tingkatan, kesaiksian dipersidangan, berkas persidangan, dan Berita Acara yang dibuat Penidik. Eksaminasi memperoleh temuan fakta yang menjadi bahan analisis eksaminasi ini : bahwa Munir meninggal karena diracun, penyebab kematian adalah keracunan arsenik akut berdasarkan keterangan ahli DR. Ridha Bakri kemungkinan arsenin dimasukan pada saat penerbangan Jakarta-Singapura. Bahwa benar Pollycarpus menggunakan surat tugas palsu untuk berangkat ke singapur, pada Blok Note milik Pollycarpus yang disita oleh penyidik ditemukan skema susunan tempat duduk pesawat yang dilingkari oleh Pollycarpus untuk bertukar tempat dengan Munir. Bahwa benar Pollycarpus hanya beberapa jan saja berada di Singapur. Bahwa benar Pollycarpus melakukan beberapa pembicaraan dengan telepon dengan personil Badan Itelejen Negara, saksi Kapten Karmae menjelaskan Pollycarpus berangkat tanpa surat tugas dan tidak seijinnya. Benar bahwa Pollycarpus mempunyai kegiatan sampingan selain sebagai Pilot Garuda. Bahwa Pollycarpus melakukan pembicaraan melalui telepon dengan personil BNI, dapat terlihat pada adanya hu bngan antara Pollycarpus dengan dengan agen BNI Bambang Irawan yang terjadi pada tanggal 14 Mei 2003 pada saat mereka pergi ke Aceh dan Timor-Timur.
Perbuatan Pidana “menggunakan surat palsu” bukan perbuatan pidana yang berdiri sendiri. Dengan divonis bersalahnya Pollycarpus menggunakan surat palsu, memunculkan peluang untuk pengungkapan lebih lanjut atas kasus pembunuhan Munir. Terjadi peniadaan fakta berkaitan dengan unsur berencana disetiap tahapan peradilan, sehingga “unsur bencana” yang dimaksut dalam pasal 340 kitab uu Hukum Pidana menjadi sulit dibuktikan. Pengadilan Negeri keliru dalam memunculkan fakta yang tidak diajukan Jaksa Penuntut Umum dan tidak didukung alat bukti dalam pertimbangan putusannya, namn MA dalam institusi peradilan tinggi, dalam perkara ini tidak menggali lebih jauh kebenaran materi. Seharusya MA tidak hanya berperan sbagai judex juri, tapi dapat berperan sebagai judex factiedalam perkara ini. penangana perkara sebagaimana disebut mengakibatkan terjadinya impunitas bagi para pelaku.
Putusan Mahkama Agung yang memutuskan terdakwa Pollycarpus bersalah menggunakan surat palsu dan membebaskannya dari dakwaan pembunuhan berebcana, adalah putusan yang tidak tepat. Pertimbangan Majelis Hakim sangat sempir dan dangkal, karena tidak mengungkapkan fakta mengenai keterkaitan antara pengguna surat palsu dengan dakwaan pembunuhan berencana. Padahal, penggunaan surat palsu tidak bisa dilihat berdiri sendiri tanpa ada motif yang terkat. Sementara itu penanganan kasus pembunuhan Mnir tidak dilakukan sebagaimana mestinya. Penanganan proses hukum seperti ini membuat kasus pembunuhan Munir tidak juga berhasil diungkap. Padahal ada sejumlah keanehan atau kejanggalan yang masih menjadi tanda tanya besar dalam mengungkap kebenaran dan keadilan kasus ini. namun, disetiap tingkatan proses hukum terdpat reduksi fakta dan bahkan dalam putusan pengadilan tingkat pertama terdapat pemunculan fakta yang tiba-tiba tanpa didukung alat bukti persidangan. Hal inilah yang juga turut mempengaruhi proses hukum serta keseluruhan.
Sangat disayangkan sekali jika para hakim dan jaksa penuntut umun membebaskan tersangka pembunuhan Munir dan hanya memberi mereka sanksi yang sangat ringan. Padahal ini adalah kasus pengambilan hak hidup seseorang dan termasuk kasus pelanggaran HAM berat. Tetapi hukum dinegara Indonesia tidak kuat dan tidak mengikat semua orang. Kejahatan yang dilakukan oleh tersangka terpidana Pollycarpus Budihari Priyanto dan Mayor Jenderal (Purn) Muchdi Purwoprandjono pasti telah didukung oleh beberapa pihak. Karena kejanggalan yang terjadi saat rencananya berjalan sangat mulus tanpa ada halangan yang berarti. Seharusnya hakim dan jaksa, komnas HAM, dan masyarakat bekerja sama untuk menuntaskan kasus Munir ini. Bagaimana bisa dikatakan negara indonesia adalah negara yang demokrasi tinggi jika hukum yang berlaku tidak setimpal dengan apa yang diperbuat oleh tersangka. Orang yang telah membunuh seorang Munir harusnya dijatuhi hukuman mati karena dia telah membunuh orang yang sangat berpengaruh untuk Indonesia dan salah satu orang pandai dan orang yang baik untuk mempertahankan kebenaran yang telah lama hilang karena penguasa yang tidak benar telah memimpin negeri ini. Alhasil salah satu orang yang dapat membangun Indonesia dengan perjuangan yang sungguh dapat dibanggakan ini tidak dapat melanjutkan perjuangannya demi bangsa ini. Kepolisisan hendaknya segera memeriksa pihak-pihak yang diduga terlibat dalam pembuatan surat palsu dala perkara yang telah diputuskan oleh MA atas terdakwa Pollycarpus. Apabila pihak yang diduga terlibat telah selesai diperiksa, maka kepolisian berkewajban untuk segera melimpahkan ke kejaksaan agar dibebaskannya Pollycarpus tidak berati berhentinya proses penegakan hukum untuk mengungkap pembunuhan Munir. Ikepolisian hendaknya menindaklanjuti temuan Tim Pencari Fakta kasus Munir terkait dengan penyertaan tentang pembunuhan Munir, termasuk memeriksa nama-nama yang direkomendaikan oleh Tim Pencari Fakta ataupun nama-nama yang sudah diperiksa di engadilan tetapi masih perlu digali lebih dalam dan pihak-pihak diduga kuat terlibar dalam perkara ini. hendaknya pengadilah dan MA menunjuk majelis yang lebih kredibel, memiliki integritas, dan impartial yang berbeda dari majelis seblumnya. Terbuka kemungkinan bagi kejaksaan Agung menggunakan bukti tersebut sebagai novum untuk mengajukan Peninjauan kembali. Semoga apa dilakukan oleh Munir, hal yang positive dari Munir, dan semua yang dapat diteladani anak bangsa Indoenesia dapat dikembagkan, dapat dimajukan, dan di pertahankan agar kelak tumbuhlah Munir-munir yang baru, yang lebih berprestasi, yang lebih dikenal dan dapat memajukan Indonesia dengan jala kebenaran dan perdamaian.