Di internal agama islam sendiri masih terdapat perbedaan yang signifikan mengenai pandangan apakah Indonesia harus menjadikan agama islam sebagai ideologi negara yaitu dengan sistem khilafah ataukah cukup dengan menerima pancasila sebagai ideologi negara? Disini saja masih terdapat perbedaan yang sangat signifikan antara golongan dalam islam.
Meski mendukung pancasila tetapi Gus Dur juga mengkritik adanya pengebirian-pengebirian yang dilakukan dan manipulasi dalam praktek ber-pancasila. Tetapi sekali lagi Gus Dur tidak mendukung tentang negara islam. Ini dikatakan dalam sebuah kritikannya, sebagi berikut :
"Terjadi penyempitan tentang Pancasila itu sendiri, yaitu pengertian pancasila hanya menurut mereka yang berkuasa. Pancasila harus dipahami lebih longgar, dan hal ini dilarang samasekali. Dengan demikian, sebenarnya yang terjadi bukan pertentangan tentang pancasila, melainkan soal pengertian pancasila".
Jelas menurut pandangan Gus Dur tentang islam dalam  nation-state Indonesia, sebenarnya ada jalan tengah yang harus ditempuh dan diperjuangkan. Kita menolak teokrasi dan sekulerisme dengan mengajukan konsep berupa pancasila.Â
Pancasila sebagai alternatif atau juga jalan tengah yang diambil dikala menolak teokrasi dan sekularisme. Kemudian kompromi politik yang harus dikembangkan sebagai ideologi bangsa ialah menolak dominasi agama ataupun anti agama.
Oleh karena itu menurut Gus Dur bukan bentuknya, melainkan orientasi sebuah bangsa apakah mendukung moralitas dan cita-cita agama yang diinginkan islam, yaitu menegakan keadilan dan kesejahteraan masyarakat atau tidak.
