Setelah teks proklamasi dikumandangkan Bung Karno, PKI kembali membangun organisasinya, dipimpin oleh Musso dan melakukan pemberontakan di Jawa Tengah yang dikenal peristiwa tiga daerah (Tegal, Brebes, Pemalang), dan pemberontakan di Madiun.
Memasuki periode demokrasi liberal dan demokrasi terpimpin (1950-1965), PKI kembali diaktifkan oleh Alimin, dan dipimpin oleh Dipa Nusantara Aidit (D.N. Aidit). Era itu merupakan masa kejayaan PKI karena dengan mudah menancapkan programnya yang disisipkan dalam GBHN yang pada keputusan finalnya tercipta manifesto politik (manipol).
Adapun aksi-aksi yang dilancarkan oleh kelompok PKI antara lain : Gerakan riset di Kecamatan untuk memastikan kekuatan PKI, aksi menuntut penyitaan aset milik Inggris dan Amerika Serikat, aksi menuntut retooling, penggantian pejabat yang anti PKI, Pengindonesiaan Marxisme, dan aksi teror di beberapa daerah.
Sempat beredar dokumen Comite Central (CC) PKI yang isinya program dan tujuan final PKI, kritik terhadap kemerdekaan 17 Agustus 1945 karena tidak dipimpin oleh Komunis. Mendengar kebocoran rahasia ini, PKI berusaha memutarbalikkan fakta bahwa dan meyakinkan Presiden bahwa laporan tersebut adalah palsu.
Kemudian PKI membuat aksi fitnah terhadap kelompok BPS (Badan Pendukung Soekarnoisme), bahwa kelompok tersebut dibentuk untuk menyelewengkan ajaran Soekarno hingga bujukan tersebut dipercaya oleh Presiden. Menanggapi isu tersebut, Presiden Soekarno membubarkan BPS.
Tidak hanya itu, upaya PKI untuk melancarkan aksinya adalah dengan memanipulasi pidato-pidato Soekarno. Ada 6 pidato yang dimanipulasi:
1. Jalannya Revolusi Kita (Jarek) pada (1960), Berisi komando pimpinan agar seluruh elemen melakukan Manipol yang terkonsep GBHN. Dalam konsep tersebut tentu ada sedikit visi dan misi PKI.
2. Revolusi-Sosialisme Indonesia-Pimpinan Nasional (1961), PKI memanfaatkan pidato ini agar situasi politik Indonesia bergerak kearah kiri.
3. Tahun Kemenangan (1963), PKI memanfaatkan pidato ini agar bangsa Indonesia semakin dekat dengan Blok Timur.
4. Genta Suara Revolusi Indonesia (1963), PKI memanfaatkan pidato ini agar bangsa Indonesia bersikap konfrontatif terhadap negara Barat.
5. Tahun Vivere Pericoloso (1964), PKI memanfaatkan pidato ini agar bangsa Indonesia mempunyai sikap yang makin revolusioner demi tercapainya cita-cita PKI.
