Anehnya, kedua kelompok teror tersebut merekrut anggotanya dari beberapa sekolah agama radikal dan kamp pengungsi di Pakistan. Mayoritas anggota IS-K berasal dari Taliban, Tehrik-e-Taliban Pakistan, Lashkar-e-Taiba, Jamaat-ud-Dawa, al-Qaeda, Jaringan Haqqani dan Gerakan Islam Uzbekistan.
Banyak dari kelompok teror ini beroperasi secara bebas di Pakistan, yang telah menjadi pusat radikalisme dan terorisme. Banyak dari kelompok ini menerima uang, senjata dan pelatihan dari ISI serta militer Pakistan.
Dengan bantuan militer Pakistan, Taliban dengan cepat dapat menduduki sebagian besar Afghanistan pada tahun 1996 dan memerintah negara tersebut hingga tahun 2001. Pemerintahan Taliban bersifat biadab.Â
Mereka memberlakukan tatanan yang keras, regresif dan otoriter. Wanita Afghanistan tidak bisa bekerja dan belajar. Mereka harus memakai burqa dan tidak bisa bepergian sendiri. Mereka melarang musik, film dan televisi.
Taliban melakukan rajam kepada orang yang berzinah sampai mati, amputasi anggota badan untuk pencurian kecil, pencambukan publik dan menghancurkan patung-patung Buddha Bamiyan yang berusia 2,000 tahun.
Taliban mengubah Afghanistan sebagai sebuah pusat kegiatan untuk al-Qaeda dan kelompok-kelompok teror transnasional lainnya. Mereka mengubahnya  menjadi negara paria. Al-Qaeda merencanakan dan berhasil meluncurkan serangan 11 September di AS.
Pada tahun 2001, AS melancarkan serangan ke Afghanistan dan menggulingkan Taliban dari kekuasaan. Para pemimpin Taliban pindah ke Pakistan dan berkumpul kembali di sana dengan bantuan ISI Pakistan.
Pada tahun 2003, Taliban mendirikan Quetta Shura (Dewan Quetta) untuk mengatur ulang kelompok tersebut dengan strategi politik dan militer yang baru. Militer Pakistan sepenuhnya, tidak secara resmi, mendukung pendirian Quetta Shura.
Pakistan adalah sekutu utama dalam perang AS melawan teror dan pada saat yang sama secara diam-diam mendukung kelompok teror Taliban dalam perangnya melawan AS selama 20 tahun.
Pakistan menyediakan tempat yang aman bagi para pemimpin Taliban dan al-Qaeda. Mereka memasok senjata, merekrut dan melatih militan Taliban.
