Di Afghanistan, Pashtun, yang juga dikenal sebagai Pathan, berjumlah sekitar 40 persen dari 38.82 juta penduduk. Suku Pashtun merupakan lebih dari 20 persen dari 220 juta populasi Pakistan.
Sudah ada upaya dari kaum nasionalis Pashtun selama periode kolonial Inggris untuk mendirikan negara merdeka dan berdaulat yang terdiri dari wilayah Pashtun di Pakistan dan Afghanistan. Pakistan melihat ini sebagai konsep "Afghanistan Raya", yang menimbulkan ancaman serius bagi persatuan dan integritas teritorial Pakistan.
Itulah sebabnya Pakistan selalu tidak ingin melihat Afghanistan yang stabil, kuat dan bersatu di bawah kepemimpinan etnis Pashtun. Mereka juga mengkhawatirkan pengaruh besar dari para saingan regionalnya seperti India dan Iran pada kepemimpinan Afghanistan. Mereka menginginkan Afghanistan yang lemah dan tidak stabil atau pemerintahan pro-Pakistan di Kabul.
Pakistan juga menjadi paranoid setelah menderita kekalahan yang memalukan selama tiga perang dengan tetangganya India atas Kashmir dan Pakistan Timur, yang sekarang adalah Bangladesh.
Pada tahun 1947, India dibagi menjadi dua negara - India dan Pakistan - berdasarkan agama. Provinsi Bengal dibagi menjadi dua. Bengal Timur mayoritas Muslim diberikan kepada Pakistan, sementara Bengal Barat mayoritas Hindu tetap di India.
Pakistan Timur secara geografis jauh dan secara budaya berbeda dari Pakistan Barat. Akibat pengelolaan yang salah dan pemerintahan militer yang keras, orang-orang Bengal memberontak melawan Pakistan dan menyatakan kelahiran Bangladesh. Pakistan kalah dari perang 1971 dengan India dan kehilangan Pakistan Timur. Pakistan melihat masalah potensial yang serupa dengan apa yang disebut sebagai nasionalisme Pashtun.
Masalah Afghanistan saat ini dimulai pada tahun 1979 ketika Uni Soviet menyerbu Afghanistan. AS meluncurkan perlawanan besar-besaran terhadap kehadiran Soviet di Afghanistan dengan memanfaatkan agama dengan bantuan diktator militer Pakistan Muhammad Zia-Ul-Haq dengan memberikan miliaran dolar dan senjata kepada para pejuang agama yang disebut Mujahidin.
Pakistan telah menjadi pusat internasional bagi kaum radikal dan militan dari lebih dari 40 negara Muslim. Pemimpin Al-Qaeda Osama Bin Ladin datang ke Pakistan pada tahun 1979 untuk berperang melawan Komunis dengan bantuan Badan Intelijen Pusat (CIA).Â
Negara-negara seperti Arab Saudi, Uni Emirat Arab dan Kuwait memompa sekitar $40 miliar ke Pakistan untuk mendistribusikan uang kepada Mujahidin. CIA memberikan senjata senilai $3 miliar kepada ISI untuk mendistribusikan pejuang Mujahidin. ISI merupakan distributor uang dan senjata utama untuk semua militan.
Di bawah pemerintahan militer Zia dari 1978 hingga 1988, Pakistan menjadi lebih konservatif dalam semua aspek. Itulah awal dari semua masalah dengan radikalisme dan terorisme di Pakistan.
Akhirnya, Soviet kalah perang dan meninggalkan Afghanistan pada tahun 1989. Tetapi rakyat Afghanistan paling menderita selama dekade perang brutal yang panjang. Setidaknya 1.5 juta orang tewas dan sekitar 6 juta orang menjadi pengungsi di negara-negara seperti Pakistan dan Iran.
