Pengembangan konsep transintegrasi ilmu bukanlah suatu hal yang mudah. Kesulitan utama yang dihadapi adalah mencari sumber daya manusia yang memiliki pemahaman tentang sains dan pemahaman agama. Selain itu, tantangan lain yang dihadapi adalah luasnya ilmu pengetahuan baik itu dibidang sains dan agama. Dalam mengembangkan konsep transintegrasi ini, diharuskan dapat menggali konsep dasar dari tiap bidang sains maupun agama, yang kemudian dibungkus menjadi satu konsep baru yakni transintegrasi ilmu.
Pada tahap awal transintegasi ilmu perlu dikembangkan dilingkungan akademik formal khususnya ditingkat perguruan tinggi. Hal ini dikarenakan pada proses pengembangan dibutuhkan sumber daya manusia yang mumpuni dan matang dibidang ilmu masing-masing untuk memberi masukan dan mengevaluasi dalam pengembangan transintegrasi ilmu, sumber daya ini biasanya banyak terdapat dilingkungan akademik khususnya diperguruan tinggi. Masukan dari akademisi dalam merumuskan materi, konten, serta konsep dasar dalam transintegrasi ilmu perlu dilakukan secara komprehensif, karena sangat perlu mengaitkan antara konsep pada sains dengan konsep yang ada pada agama.
Transintegrasi ilmu ini harus dapat menyatukan ilmu agama dan sains. Konsep yang ada pada agama dan sains diekstrak kemudian dikaitkan satu sama lain untuk dapat dijadikan satu kesatuan ilmu yang komprehensif. Dengan adanya penyatuan ini, yang pada dasarnya ilmu tersebut adalah satu, diharapkan dapat menjadikan lulusan yang memiliki dasar agama yang kuat serta pengetahuan sains yang cukup mumpuni untuk beradapatasi dengan kemajuan teknologi dengan tetap berpegang teguh dengan agama. Untuk mencari konten serta pembelajaran yang tepat dalam transintegrasi ilmu ini tidaklah mudah. Hal tersebut membutuhkan diskusi dan eksplorasi yang matang agar dapat menghasilkan sebuah konsep yang dapat diimplementasikan menjadi satu buah ilmu yang mencakup ilmu agama dan ilmu sains.
Untuk merealisasikan hal tersebut, UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi mengembangkan Paradigma Transintegrasi Ilmu yang melahirkan ulama-ulama yang memahami sains, dan saintis yang memiliki dasar ilmu agama yang kuat.
