Yang menjadi kekhawatiran dalam kerjasama ATPM adalah pengendalian mutu atau quality control sehingga dibutuhkan adanya pengendalian dalam bidang produksi, pemasaran maupun keuangannya.Â
Pengendalian mutu di bidang produksi dapat berupa dibuatnya Standar Operasional Prosedur (SOP) untuk meminimalisir kesalahan yang dapat terjadi, dapat juga diberikan wewenang untuk mengawasi kepada supervisor dibagian produksi.Â
Pengendalian yang dibutuhkan di bidang pemasaran dapat berupa pengawasan perencanaan pemasaran dan target pemasaran, pemasaran harus sesuai dengan standar perusahaan dan target pemasarannya pun tidak boleh melewati batas wilayah yang telah disetujui.Â
Kedua bidang tersebut produksi dan pemasaran tidak dapat lepas dari bidang keuangan, pengendalian yang dapat dilakukan berupa tentunya pengawasan penarikan uang dan penggunaannya dan pembukuan yang jelas terhadap setiap tindakan yang berkaitan dengan keuangan, diperlukan juga pengendalian berupa audit internal untuk mencegah adanya kesalahan dalam pembukuannya.