Pondok pesantren Al-Zaitun Indramayu merupakan salah satu ponpes besar di Jawa Barat, mereka menggunakan embel-embel Pusat Pendidikan Pengembangan Budaya Toleransi dan Perdamaian, namun kenyataannya banyak menimblukan konflik besar.
Mulai dibuka pada 13 Agustus 1996. Lalu, pembukaan awal pembelajaran ini baru dilaksanakan pada 1 Juli 1999 dan peresmian secara umum dilakukan pada 27 Agustus 1999 oleh BJ Habibie. Saat ini, Al-Zaytun dipimpin oleh pendirinya, yaitu Abdussalam Rasyidi Panji Gumilang yang sekaligus pendiri YPI.
Beberapa kasus kontroversi yang menggemparkan umat beragama, salah satunya adalah:
- Yang paling booming baru-baru ini adalah saat pelaksanaan sholat idul fitri yang cukup berbeda dengan orang mukmin pada umumnya, mulai dari shaf laki-laki dan perempuan yang dicampur, jarak shaf juga jauh seperti sosial distancing.
- Adanya adzan yang dinilai nyeleneh yang dilantunkan oleh salah satu santri di Ponpes Al Zaytun Indramayu
- Setelah kegiatan khataman yang seharusnya berdoa, mereka malah menyanyikan lagu rohani dan langsung di pimpin oleh pemilik ponpes.
- Ponpes ini mencetuskan madzab baru yakni madzhab bung karno, dimana disini tidak mewajibkan salat lima waktu, boleh mencuri harta orang lain, hingga menghukumi kafir orang yang tidak masuk dalam kelompok ajarannya.
- Adanya rencana pendiri Ponpes Al Zaytun Indramayu untuk menjadikan para santri putri sebagai khatib salat Jumat.
- Beberapa kali terjerat kasus pencabulan beberapa guru dan pengurus di ponpes Al-Zaitun tersebut.
Tempat kejadian konflik ini diponpes Al-Zaitun sendiri, mereka lekakukan semua kegiatan keagamaan di lingkungan pondok yang cukup tertutup, sehingga masyarakat luar banyak yang tidak mengetahui kejelasan kegiatan mereka. Tanggal kejadian konflik baru-baru ini yakni pada 1 Syawal 1444 H, semua pihak terlibat dalam kasus ini mulai dari MUI, Kemenag, Pemkab Indramayu, dan masyarakat sekitar, bahkan kabarnya sampai sekarang mereka masih mengkaji data yang valid dari ponpes Al-Zaitun ini. Jadi pemimpin mereka masih berkeliaran di lingkungan pesantren karena belum terdapat bukti kuat untuk membawa ke pidana hukum.