Mojokerto saat ini merupakan salah satu kota terkecil se Indonesia dengan luas 20,217 km2, namun pada zaman dahulu Mojokerto termasuk bagian dari kerajaan terbesar di nusantara, yaitu kerajaan Majapahit. Namun, total keseluruhan daerah Mojokerto termasuk kabupaten adalah 717,83 km2. Berikut adalah sejarah Mojokerto.
Mojokerto dulunya adalah bagian dari kerajaan Majapahit, dimana dulunya adalah kawasan ibukota Wilwatikta. Namun, Setelah kerajaan Majapahit runtuh, namanya berubahan menjadi Kabupaten Japan. Pada masa itu, Japan merupakah tempat yang sangat strategis karena sungai brantas yang ada di kawasan ini adalah tempat berlalu lalangnya perekonomian antar daerah. Maka terjadilah perebutan wilayah Japan yang menyebabkan munculnya perjanjian Giyanti yang membagi wilayah Mataram menjadi dua, yaitu Japan (Mojokerto) menjadi milik kasultanan Yogyakarta dan Wirosobo (Mojoagung) menjadi miliki kasunanan Surakarta.
Sultang Hamengkubuwono II (Kasultanan Yogyakarta) yang pada saat itu memimpin diajak bekerja sama oleh Belanda, namun ditolak olehnya dikarenakan ia merasa Belanda hanya ingin menguasai tanah Jawa, yang akhirnya ia diasingkan ke pulau Penang (Malaysia). Akhirnya Raden Mas Suraja diangkat menjadi Sultan baru (Hamengkubuwono III) oleh campur tangan Inggris. Sebagai kompensasi diangkatnya Hamengkubuwono III, Inggris meminta sebagian wilayah kekuasaannya dan wilayah Japan, serta membayar 100.000 real setiap tahunnya.
Pada tahun 1816 Inggris mengembalikan Indonesia kepada Belanda, dari situlah Japan dan Wirosobo kembali bersatu, dan penyatuan 2 wilayah ini diberi nama Mojokerto. Menurut JF Niermeyer, nama "Japan" yang memiliki arti "malas" kurang cocok untuk penduduk Mojokerto yang memiliki semangat kerja. Maka dirubahlah nama Japan menjadi Mojokerto, yang tentunya kawasan Wirosobo termasuk di kawasan Mojokerto.