Sisi yang menarik dari kawasan pesisir dan laut Indonesia adalah secara sosio-ekonomi dan kultural ; hampir 60% dari penduduk di Indonesia tinggal di kawasan pesisir, hampir 5 juta nelayan menggantungkan hidupnya pada hasil laut. Namun , fakta menunjukkan bahwa sistem pengelolaan yang salah menjadi faktor utama yang mengancam kelestarian sumberdaya hayati laut dan pesisir yaitu :
(1) Pemanfaatan yang Berlebihan (Over Exploitation)
Over Exploitation merupakan pemanfaatan laut secara berlebihan namun tidak diimbangi oleh pembudidayaan. Banyak terjadi di Laut Indonesia bagian barat, seperti Laut Jawa, Laut Sumatra, Laut Sulawesi, dll. Sedangkan, di Laut Indonesia bagian timur, seperti Laut Papua justru mengalami Under Exploitation. Itu terjadi karena jumlah penduduk di bagian timur Indonesia lebih sedikit dibandingkan dengan jumlah penduduk di wilayah barat Indonesia dan masyarakat cenderung kurang memperhatikan laut, kelengahan ini dimanfaatkan oleh pihak asing untuk mencuri kekayaan laut Indonesia.
(2) Penggunaan Teknik dan Peralatan Penangkapan Ikan yang Merusak Lingkungan
Nelayan tradisional menangkap ikan dengan menggunakan bahan peledak , bahan beracun dan alat tangkap trawl. Bahan peledak dapat menyebabkan rusaknya terumbu karang dan kematian biota lain yang bukan merupakan sasaran penangkapan. Obat bius atau bahan beracun digunakan untuk nelayan yang ingin menangkap ikan hias. Namun obat bius tersebut dapat menyebabkan ikan besar dan kecil menjadi mabuk dan mati, sisa racun tersebut dapat menimbulkan dampak negatif bagi kehidupan terumbu karang, di tandai dengan perubahan warna karang yang berwarna-warni menjadi putih dan lama kelamaan mati. Alat tangkap trawl merusak sumber daya ikan , hal ini dikarenakan ikan -- ikan kecil ikut tertangkap oleh alat ini sehingga tidak memiliki kesempatan untuk memperbanyak spesiesnya, selain itu terumbu karang dapat tersangkut dan terbawa jaring.
(3) Buruknya Kondisi Terumbu Karang di Indonesia
Berdasarkan data Tim Walidata Terumbu Karang Indonesia pada tahun 2016, Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) terhadap 108 lokasi dan 1.064 stasiun di seluruh perairan Indonesia. Sekitar 6,39% terumbu karang masih dalam kondisi sangat baik dan 23,40% berstatus baik. Sisanya, yakni 35,06% berstatus kondisi cukup dan 35,15% kondisi jelek. Penyebab utama penurunan kondisi terumbu karang adalah aktivitas manusia, perubahan iklim global, serta hama dan penyakit. Semakin buruknya kondisi terumbu karang sangat mempengaruhi hasil perikanan di indonesia yang semakin menurun.
 (4) Rusaknya Kondisi Padang Lamun
Berdasarkan data Pusat Penelitian (Puslit) Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) menunjukkan bahwa Indonesia memiliki luas Padang Lamun sekitar 25.742 hektar. Kondisi Padang Lamun di Indonesia berdasarkan tutupan lamun dari 37 lokasi sampling, yaitu 5 lokasi berada dalam kondisi tidak sehat atau buruk, 27 dalam kondisi kurang sehat, dan 5 lokasi dalam kondisi sehat.
Upaya yang dilakukan
Dengan adanya ancaman tersebut, pemerintah menetapkan Kawasan Konservasi Perairan (KKP). PP No. 60 Tahun 2007, menyebutkan bahwa KKP adalah kawasan perairan yang dilindungi, dikelola dengan sistem zonasi, untuk mewujudkan pengelolaan sumber daya ikan dan lingkungannya secara berkelanjutan.