Peristiwa lainnya yang menggembirakan bagi umat Jakarta adalah kunjungan Paus Paulus VI (1970) dan Paus Yohanes Paulus II (1989) ke Indonesia yang disambut oleh Mgr Leo Soekoto. Ibadat dirayakan dengan meriah oleh Paus Paulus VI bersama banyak Uskup di Katedral. Pada waktu kunjungan Paus Yohanes Paulus II di Keuskupan Agung Jakarta sedang berlangsung Sinode Pertama.
Sampai saat ini gereja katedral telah dua kali dipugar untuk memperbaiki kerusakan-kerusakan dan membersihkan lumut serta pengecatan ulang. Pertama pada tahun 1988 dan kedua tahun 2002. Keduanya dilakukan oleh arsitek  Han Awal (alm), ayahanda  arsitek Yori Antar yang membangun  Rumah Budaya Sumba milik Kongregasi Redemptoris di Weetebula, Kabupaten Sumba Barat Daya, NTT. (Sumber bacaan: Gereja-Gereja  Tua di Jakarta/Adolf Heuken SJ)
