Bagian kedua dari buku ini membahas mengenai ilmu pengetahuan. Salah satu corak pengetahuan ialah pengetahuan yang ilmiah, yang lazim disebut sebagai ilmu pengetahuan. Begitupun, ilmu yang berasal dari bahasa Arab 'alima yang berarti tahu, dapat mendeskripsikan bahwa dengan ilmu pengetahuan manusia akan mengetahui apa yang sebelumnya tidak atau belum mereka ketahui.
Namun sejatinya mengenai ilmu pengetahuan telah disimpulkan oleh penulis bahwa tidak semua persoalan manusia dapat dijawab dengan imlu pengetahuan. Nilai kebenaran ilmu pengetahuan adalah positif dan relatif. Mengenai masalah-masalah yang di luar atau di atas jangkauan ilmu pengetahuan maka hal ini diserahkan kepada filsafat.
Pada bagian ketiga ini dijelaskan mengenai filsafat. Filsafat sendiri berasal dari kata philosophia. Philo  berarti cinta dan Sophia  berarti hikmah, oleh karena itu philosophia berarti cinta akan hikmah atau cinta kebenaran. Filsafat sendiri merupakan ilmu istimewa yang mencoba menjawab segala masalah yang tidak dapat dijawab oleh ilmu pengetahuan biasa. Filsafat merupakan daya upaya manusia dengan akal-budinya untuk memahami  dan mendalami secara radikal dan integral serta sistematik hakikat yang ada yaitu hakikat Tuhan, hakikat alam semesta dan hakikat manusia.
Antara ilmu dan filsafat sendiri terdapat beberapa titik singgung yang antara lain sebagai berikut: Historis, pada awal sekali filsafat identic dengan ilmu pengetahuan, sebagaimana juga filsuf identic dengan imuwan; Obyek materi ilmu ialah alam dan manusia begitu juga filsafat yang memiliki obyek mengenai alam dan manusia diamping tentang ketuhanan.
Namun antara ilmu dan filsafat ada beberapa perbedaan, yang diantaranya adalah: Obyek formal ilmu: mencari keterangan terbatas terjangkau pembuktian penelitian, percobaan dan pengalaman manusia; Obyek material filsafat adalah: Masalah Tuhan, yang sama sekali di luar atau di atas jangkauan ilmu pengetahuaan biasa; Masalah alam yang belum atau tidak dapat dijawab oleh ilmu pengetahuan biasa; Masalah manusia yang juga belum atau tidak dapat dijawab oleh ilmu pengetahuan biasa.
Bagian keempat dari buku ini menjelaskan mengenai Agama. Agama sendiri bisa diartikan sebagai keyakinan atau kepercayaan bagi pemeluknya. Didalam bahasa Arab sendiri agama berasal dari kata 'din  yang merupakan masdar dari kata 'daana'-'yadienu'. Menurut lughat kata dien  memiliki bermacam-macam arti antara lain: 1) Cara atau adat kebiasaan. 2) Peraturan. 3) Undang-undang. 4) Tha'at atau patuh. 5) Menunggalkan ketuhanan.
Dalam mengungkapkannya penulis mengatakan bahwa agama samawi satu-satunya hanyalah agama Islam. Namun bagaimana dengan agama Nasrani dan Yahudi? Dalam bukunya H. Endang Saifuddin Anshari mengutip berbagai ayat Al-Qur'an yang didalamnya menjelaskan bahwa agama Nasrani dan Yahudi sejatinya bermuara dan menjadi sempurna sebagai suatu agama yaitu agama Islam.
Bagian kelima dari buku ini menjelaskan berbagai macam hal mengenai kepercayaan; agama sebagai kebenaran; iman, akal dan hati; dan Albert Einstein tentang agama dan akal pikiran. Yang terakhir dan menjadi penyempurna isi buku ini terdapat pada bagian keenam yang berisi mengenai nisbah antara ilmu, filsafat dan agama. Penulis menjelaskan titik singgung dari ilmu, filsafat dan agama sendiri berupa tujuan akhir dari ketiganya yang mencari suatu kebenaran dengan jalan dan caranya masing-masing. Sedangkan ketiganya juga memiliki satu perbedaan dimana ilmu dan filsafat mencari kebenaraan dengan jalan penyelidikan, pengalaman dan percobaan yang akan berlainan dengan agama yang diawali dengan rasa percaya dan iman bagi manusia sendiri.
