Secara definitif Imam Zarkasyi (pendiri Pondok Pesantren Modern Gontor), mengartikan pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam dengan sistem asrama atau pondok, di mana
kyai sebagai figur sentralnya, masjid sebagai pusat kegiatan yang menjiwainya, dan pengajaran agama Islam dibawah bimbingan kyai yang diikuti santri sebagai kegiatan utamanya. Secara singkat pesantren bisa juga dikatakan sebagai laboratorium kehidupan, tempat para santri belajar hidup dan bermasyarakat dalam berbagai segi dan aspeknya. Ciri umum yang dapat di ketahui adalah pesantren memiliki kultur khas yang berbeda dengan budaya sekitarnya. Beberapa peneliti menyebut sebagai sebuah sub-kultur yang bersifat idiosyncratic.
Jenis-jenis pesantren umumnya ada dua. Pertama, pesantren yang hanya mengajarkan ilmu agama Islam saja umumnya disebut pesantren salafi. Pola tradisional yang diterapkan dalam pesantren salafi adalah para santri bekerja untuk kyai mereka – bisa dengan mencangkul sawah, mengurusi empang (kolam ikan), dan lain sebagainya – dan sebagai balasannya mereka diajari ilmu agama oleh kyai mereka tersebut. Sebagian besar pesantren salafi menyediakan asrama sebagai tempat tinggal para santrinya dengan membebankan biaya yang rendah atau bahkan tanpa biaya sama sekali. Kedua, pesantren yang mengajarkan pendidikan umum, dimana persentase ajarannya lebih banyak ilmu-ilmu pendidikan agama Islam daripada ilmu umum (matematika, fisika, sejarah dan lainnya). Ini sering disebut dengan istilah pondok pesantren modern, dan umumnya tetap menekankan nilai-nilai dari kesederhanaan, keikhlasan, kemandirian, dan pengendalian diri. Pada pesantren dengan materi ajar campuran antara pendidikan ilmu formal dan ilmu agama Islam, para santri belajar seperti di sekolah umum atau madrasah.
Seiring dengan perkembangan zaman, masalah yang dihadapi pesantren semakin kompleks, dan pesantren harus mampu menjawab apa yang menjadi tuntutan zaman ini. Persoalannya adalah modernitas, artinya pesantren dihadapkan pada tantangan-tantangan yang ditimbulkan oleh kehidupan modern. Dan kemampuan pesantren menjawab tantangan-tantangan tersebut, maka itu bisa menjadi tolak ukur sebagai lembaga yang modern.
Dalam kasus Pondok Pesantren, perwujudan proses modernisasi itu paling kuat ditunjukkan dalam kemajuan ilmu dan teknologi. Dalam hal ini pesantren mampu menjawab modernitas dengan kemampuan santri berbahasa arab dan inggris. serta mendapatkan berbagai ekstrakulikuler berupa kegiatan pramuka, latihan berpidato dalam tiga bahasa serta program lainnya.
