Berkaitan dengan pelaksanaan pembayaran tunjangan sertifikasi guru dapat dibayarkan dengan mengacu pada Peraturan Menteri Keuangan Nomor : 164/PMK.05/2010 tanggal 27 September 2010. Pada Bab VI Pasal 9 Pelaksanaan Pembayaran disebutkan diantaranya adalah Tunjangan Profesi Guru  diberikan mulai bulan januari tahun berikutnya setelah yang bersangkutan mendapat Nomor Regristrasi Guru (NRG)  dari Kementerian Pendidikan Nasional. NRG diperoleh setelah yang bersangkutan mendapat setifikat pendidik sesuai peraturan perundang-undangan. Dalam hal ini guru yang sudah lulus dan menerima sertifikat pendidik pada tahun 2012 belum dapat dibayarkan tunjangan sertifikasinya pada tahun itu juga sesuai dengan PMK diatas. Pembayaran tunjangan sertifikasi guru dibayarkan melalui rekening masing-masing penerima dari rekening Kas Negara tanpa melalui rekening penampung kecuali guru non PNS, sesuai dengan PMK Nomor 81 Tahun 2012 disalurkan melalui rekening penampung yang selanjutnya disalurkan ke masing-masing rekening penerima.